1、極限分辨率進行不同（放大信號源產生不同）

激光共聚焦顯微鏡：限制分辨率150nm；

掃描電鏡：20納米~ 0.8納米。

2、掃描驅動方式不同

激光共聚焦顯微鏡：激光轉鏡控制進行激光通過掃描工作范圍和掃描速度；

掃描電鏡：電磁線圈控制電子束的掃描范圍和速度。

3、立體成像不同

激光共聚焦顯微鏡：通過納米精度步進電機在Z軸方向驅動樣品逐層成像，該軟件將每層圖像設置成清晰的三維圖像；

掃描電鏡：單幅圖像景深較大，屬于二維圖像。

4、應用范圍不同

激光共聚焦顯微鏡：幾次~幾千次；

掃描電鏡：幾倍到幾十萬倍。

5、工作環境不同

激光共聚焦顯微鏡：可在大氣污染環境中測試分析樣品；

掃描電鏡：在高真空環境中測試樣品。

激光共聚焦顯微鏡的應用：

1、可以測量細胞膜流動性、細胞通訊、細胞融合、細胞骨架彈性等。可以作為“光刀”完成細胞內“手術”。該技術可以原位動態定量觀察和測量活細胞和活組織。
2、具有“細胞CT“功能，經過相應的熒光探針標記后，激光作為光源，樣品逐點掃描，并通過計算機3D重建軟件支持，逐層獲取二維光學橫截面圖像和三維圖像，并可在任何角度旋轉，觀察細胞、組織立體形態和空間關系。