激光共聚焦電子顯微鏡檢測前的關鍵技術步驟就是進行樣品制備。樣品需要用不同的單，雙和三類的熒光探針標記。標本可以是固定的或活著的組織或附著培養物。細胞應培養在共聚焦特殊碟或蓋，懸浮細胞，萼片或滴，并蓋玻片。

樣品的Z大不同厚度約1~2mm，蓋玻片厚度應小于0.17mm，滑塊厚度一般應在0.8~1.2mm之間，表面要光滑，厚度要均勻，沒有一個明顯的干擾熒光。固定標準樣品通常用密封片密封，通常需要使用企業通過研究使用pH 8.5-9的PBS制備的甘油密封。

常規樣品制備要求

⒈染料的選擇

由于激光共聚焦顯微鏡采用單波長激光作為光源，熒光染料的選擇應以激光共聚焦顯微鏡的激光波長為基礎。 如果同一樣品中有多個熒光染料，盡可能考慮它們的發射波長。 不要重疊，避免交叉顏色問題。

⒉樣品載體的選擇

一般的激光共焦顯微鏡高倍物鏡是一種油鏡。其數值不同孔徑小，鏡片與樣品數據之間的工作時間距離不大于0.17mm。因此，如果觀察分析樣品是粘附細胞或組織網絡切片，則可以使用一個普通用戶負荷，滑蓋玻璃就可以了。對于懸浮的細胞或顆粒，可以通過在激光共聚焦顯微鏡的培養皿中攜帶樣本來觀察。

⒊密封片的選擇

如果僅需要進行觀察分析樣品一次并且我們不太容易淬滅熒光，則可以使用具有一定濃度的甘油混合物來密封膜。如果一個樣品需要放置一段發展時間并且樣品需要經過多次使用，則應使用抗熒光淬火密封來減少熒光信號損失。