熒光顯微鏡是用短波長的光線照射用熒光素染色過的被檢物體，使之受激發后而產生長波長的熒光，然后觀察。熒光顯微鏡廣泛應用于生物，醫學等領域。

熒光顯微鏡的正確使用方法：

1．右手握住熒光顯微鏡鏡臂，左手托住鏡座。

2．把熒光顯微鏡放在實驗臺上，略偏左(顯微鏡放在距實驗臺邊緣7厘米左右處)。安裝好目鏡和物鏡。

3．轉動轉換器，使低倍物鏡對準通光孔(物鏡的前端與載物臺要保持2厘米的距離)。

4．把一個較大的光圈對準通光孔。左眼注視目鏡內(右眼睜開，同時畫圖)。轉動反光鏡，使光線通過通光孔反射到鏡筒內。通過目鏡，可以看到白亮的視野。

5．把所要觀察的玻片標本(也可以用印有 “6”字的薄紙片制成)放在載物臺上，用壓片夾壓住，標本要正對通光孔的中心。

6．轉動粗準焦螺旋，使鏡筒緩緩下降，直到物鏡接近玻片標本為止(眼睛看著物鏡，以免物鏡碰到玻片標本)。

7．左眼向目鏡內看，同時反方向轉動粗準焦螺旋，使鏡筒緩緩上升，直到看清物像為止。再略微轉動細準焦螺旋，使看到的物像更加清晰。

注意事項：

1、激發光長時間的照射，會發生熒光的衰減和淬滅現象，因此盡可能縮短觀察時間，暫時不觀察時，應用擋板遮蓋激發光。

2、作油鏡觀察時，應用"無熒光油"。

3、熒光幾乎都較弱，應在較暗的室內進行。

4、電源裝穩壓器，否則電壓不穩不僅會降低汞燈的壽命，也會影響鏡檢的效果。目前許多新興生物研究領域應用到熒光顯微鏡，如基因原位雜交(FISH)等等。