兩者在工作原理及應用方面存在不同。分述如下：
　　一、熒光顯微鏡
　　1、熒光顯微鏡是以紫外線為光源， 用以照射被檢物體， 使之發出熒光， 然后在顯微鏡下觀察物體的形狀及其所在位置。熒光顯微鏡用于研究細胞內物質的吸收、運輸、化學物質的分布及定位等。 細胞中有些物質，如葉綠素等，受紫外線照射后可發熒光；另有一些物質本身雖不能發熒光，但如果用熒光染料或熒光抗體染色后，經紫外線照射亦可發熒光，熒光顯微鏡就是對這類物質進行定性和定量研究的工具之一。
　　2、熒光顯微鏡原理：
　　(A) 光源：光源輻射出各種波長的光(以紫外至紅外)。
　　(B) 激 勵濾光源：透過能使標本產生螢光的特定波長的光，同時阻擋對激發螢光無用的光。
　　(C) 熒光標本：一般用熒光色素染色。
　　(D) 阻擋濾光鏡：阻擋掉沒有被標本吸收的激發光有選擇地透射熒光，在熒光中也有部分波長被選擇透過。 　以紫外線為光源，使被照射的物體發出熒光的顯微鏡。電子顯微鏡是在1931年在德國柏林由克諾爾和哈羅斯卡首先裝配完成的。這種顯微鏡用高速電子束代替光束。由于電子流的波長比光波短得多，所以電子顯微鏡的放大倍數可達80萬倍，分辨的*小極限達0.2納米。1963年開始使用的掃描電子顯微鏡更可使人看到物體表面的微小結構。
　　3、應用范圍：用來放大微小物體的圖像。一般應用于對生物、醫藥、微觀粒子等觀測。
　　二、共焦顯微鏡
　　1、共焦顯微鏡在反射光的光路上加上了一塊半反半透鏡，將已經通過透鏡的反射光折向其它方向，在其焦點上有一個帶有針孔的擋板，小孔就位于焦點處，擋板后面是一個 光電倍增管?？梢韵胂?，探測光焦點前后的反射光通過這一套共焦系統，必不能聚焦到小孔上，會被擋板擋住。于是光度計測量的就是焦點處的反射光強度。
　　2、原理：傳統的光學顯微鏡使用的是場光源，標本上每一點的圖像都會受到鄰近點的衍射或散射光的干擾；激光掃描共聚焦顯微鏡利用激光束經照明針孔形成點光源對標本內焦平面的每一點掃描，標本上的被照射點，在探測針孔處成像，由探測針孔后的光電倍增管（PMT）或冷電耦器件（cCCD）逐點或逐線接收，迅速在計算機監視器屏幕上形成熒光圖像。照明針孔與探測針孔相對于物鏡焦平面是共軛的，焦平面上的點同時聚焦于照明針孔和發射針孔，焦平面以外的點不會在探測針孔處成像，這樣得到的共聚焦圖像是標本的光學橫斷面，克服了普通顯微鏡圖像模糊的缺點。
　　3、應用領域：　涉及醫學、動植物科研、生物化學、細菌學、細胞生物學、組織胚胎、食品科學、遺傳、藥理、生理、光學、病理、植物學、神經科學、海洋生物學、材料學、電子科學、力學、石油地質學、礦產學。