保持顯微鏡光學元件的清潔對于保證好的光學性能來說非常重要，當顯微鏡不用時，顯微鏡應當用儀器提供的防塵罩蓋住。若光學表面及儀器有灰塵和污物，在擦清表面前應當先用吹氣球吹去灰塵或用柔軟毛刷去污物。

光學表面應當用無絨棉布，鏡頭紙或用專用的鏡頭清潔液沾濕的棉花簽來清潔。請避免使用過多的溶劑，擦鏡紙或棉花簽應恰當沾濕溶劑但不要因為使用太多溶劑而滲透到物鏡內，造成物鏡清晰度下降及物鏡損壞。

使用防塵罩是保證顯微鏡處于良好機械和物理狀態的重要的因素。顯微鏡的外殼如有污跡，能用乙醇或肥皂水來清潔（無用其他有機溶劑來清潔），但切勿讓這些清洗液滲入顯微鏡內部，造成顯微鏡內部電子部件的短路或燒毀。

顯微鏡中目鏡物鏡的表面鏡頭容易受到灰塵和污物及油的粘污，當發現襯度，清晰度降低，霧狀發生時，則需要用放大鏡仔細檢查目鏡，物鏡前面鏡頭的狀況。

低倍物鏡有相當大的前組鏡片，能用纏在手指上的棉布或棉簽及擦鏡紙上用乙醇沾濕來擦拭。40X、100X需多加小心地用放大鏡仔細檢查。高倍鏡中為了達到高的平坦度，應用了一個有小曲率半徑凹面的前組鏡頭，在擦拭這組鏡頭時用帶有棉球的牙簽或棉花簽清潔。

擦拭鏡頭表面要輕。不要過度用力和有刮擦動作，并確信棉簽觸到鏡頭的凹面。在清理后用放大鏡檢查物鏡是否損傷，如果要去開觀察鏡筒，小心不要接觸到鏡筒下面的外露鏡頭，鏡頭表面如有手指印會降低成像的清晰度，用清潔物目鏡的方法進行擦拭。

當顯微鏡使用100X油鏡使用完時，請及時將油鏡表面擦拭清楚并檢查40X物鏡是否沾上油，如有請及時擦清。使顯微鏡始終保持成像清晰。

保持顯微鏡使用場地的干燥，當顯微鏡長期工作在濕度較大的環境中，還是容易增加霉變的幾率，因此如顯微鏡不得不工作在這些濕度較大的環境中，建議使用去濕機。當發現光學元件表面有霧狀，霉斑等不良情況時，請立刻聯系專業人士，對您的顯微鏡進行專業維護保養。